๑. หนังสือไตรรัตน์

จัดพิมพ์เมื่อปี พ.ศ. ๒๕๓๐ จำนวน ๓,๐๐๐ เล่ม นับเป็นหนังสือเล่มแรกที่บันทึกคำสอนของหลวงปู่ดู่ พรหมปัญโญ โดย คุณเมธา พรพิพัฒน์ไพศาล เมื่อครั้งเป็นประธานชุมนุมพุทธฯ มหาวิทยาลัยธรรมศาสตร์ ได้กราบขออนุญาตนำธรรมะที่หลวงปู่สอนและคุณเมธา บันทึกไว้มาจัดพิมพ์เป็นหนังสือ ท่านอนุญาตโดยตอบว่า "ถ้าพระมหาบัวไม่ได้บันทึกคำสอนหลวงปู่มั่นไว้ พวกแกก็คงไม่ได้อ่านกัน" คุณเมธา เป็นผู้หาทุนมาจัดพิมพ์หนังสือจนสำเร็จ สำหรับเนื้อหาในครั้งนั้น อาจารย์ศุภรัตน์ แสงจันทร์ ได้กรุณาส่งบันทึกคำสอนของหลวงปู่มาลงพิมพ์รวมกับบันทึกคำสอนที่คุณเมธา และเพื่อนๆ ศิษย์หลวงปู่ได้ช่วยกันบันทึกไว้

จัดพิมพ์เมื่อปี พ.ศ. ๒๕๓๑ จำนวน ๒,๐๐๐ เล่ม ในโอกาสครบรอบ ๘๔ พรรษาหลวงปู่ดู่ พรหมปัญโญ  โดยเป็นการต่อยอดจากหนังสือ ไตรรัตน์ โดยครั้งนี้ นอกจากข้อธรรมของหลวงปู่ที่คุณเมธา เรียบเรียงไว้เดิมกับที่เรียงเพิ่มเติมขึ้นใหม่แล้ว ก็ยังมีข้อเขียนจากเพื่อนๆ ชุมนุมพุทธฯ มธ. และลูกศิษย์ท่านอื่นส่งมาร่วมด้วย ซึ่งหนังสือเล่มนี้ อาจารย์ศุภรัตน์ แสงจันทร์ ก็ได้เขียนเรื่องเกี่ยวกับวัตถุมงคลส่งมาร่วมพิมพ์ด้วย อาทิ พิธีสร้างพระกลางลาน และการเกิดธรรมธาตุ เป็นต้น

๓. หนังสือพระผู้จุดประทีปในดวงใจ 

จัดพิมพ์เมื่อปี พ.ศ. ๒๕๓๔ จำนวน ๕,๐๐๐ เล่ม  โดยปรับปรุงเพิ่มเติมจากหนังสือ นพรัตน์ เพื่อใช้เป็นหนังสือแจกผู้มาร่วมงานพระราชทานเพลิงศพหลวงปู่ดู่ (หลวงปู่มรณภาพเมื่อ ๑๗ มกราคม ๒๕๓๓ และทางวัดตั้งศพจัดงานสวดพระอภิธรรมถวายท่านทุกคืน กระทั่งจัดงานพระราชทานเพลิงศพฯ เมื่อ ๒๐ เมษายน ๒๕๓๔)

๔. หนังสือรวมใจ

จัดพิมพ์เมื่อปี พ.ศ. ๒๕๔๑ (มีนาคม) จำนวน ๔,๐๐๐ เล่ม เป็นเนื้อหาใหม่ทั้งหมด จำนวน ๕๓ เรื่อง โดย คุณเมธา เป็นผู้เขียนหลัก

จัดพิมพ์เมื่อปี พ.ศ. ๒๕๔๑ (สิงหาคม) จำนวน ๔,๐๐๐ เล่ม เป็นหนังสือที่รวมเนื้อหาเดิม (จากหนังสือ พระผู้จุดประทีปในดวงใจ : ๔๗ เรื่อง และจากหนังสือรวมใจ : ๔๙ เรื่อง เฉพาะในส่วนเนื้อหาที่ คุณเมธา และเพื่อนๆ ชุมนุมพุทธฯ มธ. เป็นผู้เรียบเรียงไว้เท่านั้น) มารวมไว้ในเล่มเดียวกัน

๖. หนังสือพรหมปัญโญอนุสรณ์ 

จัดพิมพ์เมื่อปี พ.ศ. ๒๕๔๕ จำนวน ๓,๐๐๐ เล่ม  โดยใช้ต้นฉบับจากหนังสือพรหมปัญโญบูชาทั้งหมด  เพื่อใช้สำหรับแจกในงานพิธีเปิดพิพิธภัณฑ์หลวงปู่ดู่ พรหมปัญโญ แต่เนื่องจากงานพิธีได้เลื่อนออกไป ทางวัดสะแกจึงได้นำหนังสือนี้ออกมาจำหน่ายแทน

๗. หนังสือ ๑๐๑ ปี หลวงปู่ดู่ พรหมปัญโญ

จัดพิมพ์เมื่อปี พ.ศ. ๒๕๔๘ จำนวน ๕,๐๐๐ เล่ม  ใช้ในโอกาสเปิดพิพิธภัณฑ์หลวงปู่ดู่ พรหมปัญโญ รวมบันทึกธรรมคำสอนของหลวงปู่จำนวนทั้งสิ้น ๑๑๐ เรื่อง

จัดพิมพ์เมื่อปี พ.ศ. ๒๕๕๒ จำนวน ๑๐,๐๐๐ เล่ม ได้มีการเรียบเรียงเรื่องใหม่ ๆ ขึ้นประมาณ ๕๐ เรื่อง เพื่อจะให้เป็นหนังสือที่รวมคำสอนครบถ้วนสมบูรณ์ที่สุดของหลวงปู่ดู่ พรหมปัญโญ  รวมทั้งเจตนาจะให้เป็นฉบับมาตรฐานเพื่อการจัดพิมพ์เพิ่มเพื่อการอนุรักษ์และเผยแพร่ธรรมะคำสอนของหลวงปู่ดู่ พรหมปัญโญ ให้กว้างขวางออกไปให้มากที่สุด